东京夺回篇，开战！经过与神秘少年・Stigma所率领的「亚马拉里克」的战斗之后，Shy有所成长了。回到日本的她，遇到了从忍者村离家出走的少女・天王寺暧。她告诉Shy自己是为了寻找「亚马拉里克」的其中一名成员才离开村子。此时，东京被突然出现的黑球包围之后消失了。英雄们要为了救回东京而出动──。